水資源の豊富な島国の日本には、河川の他、湖も多く、中には巨大な湖も。
そんな湖の中で広さを誇る日本三大湖が、琵琶湖（滋賀県）、霞ヶ浦（千葉県・茨城県）、サロマ湖（北海道）です。

琵琶湖（びわこ）は、滋賀県にある日本最大の面積と貯水量を持つ湖。一級水系「淀川水系」に属する一級河川で、河川法上の名称は「一級河川琵琶湖」。国土交通大臣から委託を受けて滋賀県知事が管理を担う。湖沼水質保全特別措置法指定湖沼で、ラムサール条約登録湿地でもある。
古くは淡海・淡海の海・水海・近江の海・細波・鳰の海などとも呼ばれ、「びわ湖」「びわこ」と表記されることもあるほか、「Mother Lake」の愛称や「近畿の水瓶」の別称で呼ばれることもある。
約440万年前に形成された古代湖であり、40-100万年ほど前に現在の位置に移動してきた。内湖を含む多様な地形や多数の固有種を含む豊かな生態系をもっているが、近現代の開発により失われたり減少したりした地形や種もある。古くから近畿地方の水運・水利・漁撈における役割を担い、近江八景などをとおして景勝地としても知られ、作品の題材となることも多いほか、環境保全活動も盛んにおこなわれている。

琵琶湖の面積は669.26平方キロメートルで、滋賀県の面積の6分の1を占め、日本最大である。貯水量は275億トンで、こちらも日本一である。湖底が最も深い水域は竹生島と安曇川河口の間にあり、2005年には104.1メートルの最大水深が計測された。

最狭部に架かる琵琶湖大橋を挟んだ北側の主湖盆を北湖（太湖）、南側の副湖盆を南湖と呼ぶ。面積58平方キロメートル・平均水深4メートルの南湖に対し、北湖は面積623平方キロメートル・平均水深41メートルであり、湖水の99パーセントは北湖に蓄えられている。一方、湖底地形から見ると、北湖盆、中湖盆、南湖盆に分けられ、北湖盆と中湖盆の境界は沖島北方付近で、鞍状の湖底地形が存在している。

琵琶湖湖岸の構造は多様であり、そのため後述するように生物も多様である。傾斜は西岸は急で東岸は緩やかな傾向にあり、下記の山地系湖岸を除く77パーセントは、流入河川の造営力を受けた平野系湖岸である。また、底質と植生から次の3つに分類することができる。

岩礫型湖岸
北湖北岸と長命寺付近の山地系湖岸。岩や岩礁が主体。

砂質型湖岸
北湖の多くを占める。小礫や砂が主体。

砂泥型湖岸
最も植生が豊かであり、泥の堆積の発達に伴い、植物群落が発達する。

湖岸域には陸上生物圏と水中生物圏をなだらかに繋ぐ推移帯が広がり、生物多様性への寄与や水質浄化機能といった様々な役割を果たしてきた。しかし第二次世界大戦後、大規模な護岸工事などにより人工湖岸が増え、推移帯としての面積は大幅に減少した。

琵琶湖には117本の一級河川を含む400以上の流入河川があり、周囲の山地からの流れを源流とする。主な流入河川としては、湖南・湖東では野洲川・日野川・愛知川などが、湖北では姉川・高時川・余呉川などが挙げられる。湖西には大きな河川は安曇川しかなく、ほかは比良山地からの小河川である。この内、野洲川と安曇川以外は50キロメートル未満で、急勾配・出水のしやすさ・渇水の多さを特徴とする。中世後期以降、一部の河川は天井川化しており、それにともない湖岸の土砂堆積状況が変化し、河口域では三角州が発達したり逆に陸地が後退するなどしている。

流出河川は瀬田川のみであり、宇治川、淀川と名前を変えて、大阪湾（瀬戸内海）へ至る。瀬田川には、琵琶湖の水位調整と下流域の治水・利水のために瀬田川洗堰が設けられている。琵琶湖からの流出経路は、これに琵琶湖疏水（第一、第二）および宇治発電所水路を加えた計4か所である。

昭和初期ごろまで、琵琶湖の周囲には大小40あまり、総面積29平方キロメートル（1940年時点）の内湖があった。これらの内湖は、繁茂するヨシなどにより河川より流入する水を浄化する機能や、魚類の産卵・生育の場、あるいは堆積した泥による肥料の提供といった役割を担ってきた。また内湖は、今津や堅田といった津の発展において船溜まりとしての役割を果たしたほか、安土城や大溝城の立地にも影響を与えた。

しかし、琵琶湖の洪水防御のため1943年から始まった河水統制事業により、事業が終了する1952年までに平均水位が数十センチメートル低下したことや、これに前後して内湖の大半が干拓されたこともあって琵琶湖の自然は大きく変化し、固有の風致や生態系が大きく損なわれた。2013年現在残されているのは、近江八幡市の西の湖をはじめとする総面積4.25平方キロメートルの23内湖のみである。

2003年現在、滋賀県は一部の内湖を復元することを計画しており、生態系の回復や水質浄化が各方面から期待されている。

琵琶湖には沖島・竹生島・多景島の3島がある。沖島は近江八幡市の沖合い1.5キロメートルに位置する周囲6.8キロメートル・面積約1.53平方キロメートルの島で、淡水湖沼の有人島としては日本唯一である。
琵琶湖に浮かぶ湖上の猫島沖島（おきしま）

竹生島は長浜市の沖合6キロメートルに位置する周囲約2キロメートルの島、多景島は彦根市の沖合い5キロメートルに位置する周囲約600メートルの島である。竹生島と多景島には寺院があり、竹生島は西国三十三所や琵琶湖八景に含まれている。また、多景島から西に4キロメートルの地点には沖の白石がある。この他、草津市には、1978年ごろに着工された人工島の矢橋帰帆島がある。

霞ヶ浦（かすみがうら）は、茨城県南東部に広がる琵琶湖についで日本で二番目に大きい湖。湖沼水質保全特別措置法指定湖沼。「霞ケ浦」（大文字のケ）と表記することもある。西浦・北浦・外浪逆浦（そとなさかうら）・北利根川・鰐川・常陸川の各水域の総体であり、一部水域は千葉県北東部にも跨がる。河川法ではこの範囲を「常陸利根川」という利根川の支川としている。

国土地理院発行の「標準地名集（自然地名）」では「ケ（大文字）」を用いており、地名としては「霞ケ浦」が正式表記である。国が「ヶ（小文字）」を、茨城県が「ケ（大文字）」を用いる傾向にある。「霞ヶ浦・北浦」という表現のように事実上西浦のみを指して使われる場合も多く、定義が混在している。

霞ヶ浦は古代に「流海」（ながれうみ）か「浪逆の海」（なさかのうみ）と呼ばれ、中世に入って「霞の浦」と歌に詠まれていたが、鹿島灘の「外の海」に対して「内の海」ともいわれた。「霞ヶ浦」と呼ばれるようになったのは江戸時代になってからのことである。

湖面積220.0平方キロメートルは日本第2位、茨城県最大。主な水域別の面積は次のとおり。

西浦：172平方キロメートル
北浦：36平方キロメートル
外浪逆浦：6平方キロメートル
常陸利根川：6平方キロメートル
なお、平野部に位置するため流域面積は2156.7平方キロメートルと広く、茨城県の面積の約3.5%を占める。水際線延長は249.5キロメートルで、これは日本最大面積の湖である琵琶湖（235.0キロメートル）の水際線延長を超える。平均水深は約4メートル、最大水深は約7メートル、年間流下量は約14億立方メートル、貯留量は約8.5億立方メートル。主な流入河川は桜川、恋瀬川、巴川、小野川など。

太平洋岸気候区にあるため、梅雨期と台風による降水が多く、冬は晴天が多く降水量が少ない。特に周辺では冬に「筑波颪（つくばおろし）」と呼ばれる強い北西の季節風が吹く。流域の年間平均降水量は約1,300ミリメートルで全国平均（約1,780ミリメートル）に比べると少なめである。

北には涸沼があり、南には利根川が流れ、北西には八溝山地の南端にあたる筑波山（標高877メートル）を擁している。周辺は、台地と低地が入り組んだ場所が多く、筑波山は周辺の最高点であるため潮来市など比較的遠く離れた場所でもよく望むことができる。西浦と北浦の間の大部分は、海抜30メートル程度の行方台地となっており、広大な農業地帯である。

元々は「浦」という名前が示すように海の入り江に由来し、砂州や河川堆積物によって出口を閉ざされたラグーンである。そのため、時期や場所によって塩分濃度に違いはあるものの、かつての湖水は塩分が混じる汽水であった。特に1950年代から1960年代には、下流の河川改修（浚渫）の影響で海水が遡上し、近年ではもっとも汽水化が進んだ時期だった。当時を知る人々にとって「汽水湖」という印象が強いのはそのためである。

しかし、1963年に治水と塩害防止を目的にして竣工した常陸川水門（逆水門）を利用することで淡水化が進行した（詳しくは霞ヶ浦の歴史を参照）。そのため、現在はほぼ淡水湖とかわらない状況にある。

面積約172平方キロメートル、海抜高度0.2メートル、最大水深7メートル。
狭義の霞ヶ浦である。土浦方面に伸びる水域を「土浦入（つちうらいり）」、石岡方面に伸びる水域を「高浜入（たかはまいり）」、この両者が交わる出島沖の広い水域を「三叉沖（みつまたおき）」と呼ぶ。他に、「江戸崎入（稲波干拓）」、「甘田入」、「大山入（余郷入）」などがあったが、昭和期の干拓事業により消滅した。羽賀沼、野田奈、西の洲、本新、八木などの干拓も行われ、湖水域は減少した。

稲敷市浮島の和田ノ岬、稲敷郡美浦村の稲荷ノ鼻、稲敷市古渡の堂崎ノ鼻は、霞ヶ浦（西浦）に伸びてできた砂嘴である。

面積約36平方キロメートル、海抜高度0メートル、最大水深7メートル。

潮来市の水原洲吠崎、鹿嶋市の爪木ノ鼻は北浦に伸びで出来た砂嘴である。

面積約6平方キロメートル、最大水深9メートル。浪逆浦を1893年に堤防で南北に仕切り、南が外浪逆浦。
内浪逆浦（うちなさかうら）は、外浪逆浦の北にあったが、昭和初期の干拓事業で農地となり消滅、現在は住宅地（潮来市日の出地区）となっている。

現在の霞ヶ浦で主に漁獲されるのはワカサギ・シラウオ・コイ・フナ・ウナギ・アユ・ボラ・レンギョ（ハクレンなど）・イサザアミなど。エビ・イサザアミ・ゴロ・コイなどの量が多く、またワカサギやシラウオなどは付加価値が大きいため、重要な魚種となっている。少量ではあるが、タナゴ亜科・クルメサヨリ・ウグイ・ドジョウ・スズキ（セイゴ）・ヒガイ・ソウギョ・ブラックバス・アメリカナマズ（チャネルキャットフィッシュ）・ペヘレイなども漁獲されている。ただ、特にブラックバスやペヘレイなどの魚種は現在のところほとんど商品価値がなく、あまり利用されていない。また、アユは最近になって漁獲されるようになっている。水揚げされたアメリカナマズ、ブルーギル、ブラックバス、ハクレンなどを用い、管理された原料・環境で魚粉が製造され養鶏飼料から始まり魚類の養殖飼料や有機肥料として利用されて地産地消品として有効利用されている。

全般的に漁獲量は1978年の漁獲量（17,487トン）をピークにして減少傾向が続いていて、1998年には2,000トン台に突入。2000年の漁獲量は2,416トンであった。魚種別に見ても減少傾向は変わらず、例えばワカサギは1980年代には1,000トンをこえることもあったが、90年代初頭には400 - 500トン前後となり、2000年の漁獲は51トンでしかない。シラウオも一時300トン前後と回復傾向にあったが98年ごろから100トン前後になり、2000年の漁獲量は95トンだった。また、漁獲量の約半分を占めるエビ・アミ類についても減少傾向にある。